Auch Versandapotheken sind zur Beratung über Arzneimittel verpflichtet. Bei rezeptfreien Medikamenten lohnt sich der Vergleich von Vor-Ort- und Versandapotheken. Im Internet gibt es dafür spezielle Suchmaschinen wie www.medizinfuchs.de oder www.versandapothekenratgeber.de.
Wichtig bei jedem Vergleich ist es, die Höhe der Versandkosten zu berücksichtigen. Rezeptpflichtige Arzneimittel werden von den Versandapotheken meist versandkostenfrei ausgeliefert. Rezeptpflichtige Arzneimittel sind in Deutschland preisgebunden, auch in Versandapotheken. Rabatte gibt es meist bei ausländischen Versandapotheken.
Rezeptpflichtige Arzneimittel dürfen auch bei Online-Apotheken nicht ohne das Originalrezept abgegeben werden. Dieses muss auf postalischem Weg eingereicht werden.